Kunnanhallituksella ei ollut huomautettavaa Päijänteen kansallispuiston järjestyssäännöstä.

Metsähallitus on laatinut kansallispuiston järjestyssäännön, johon on otettu eri laeista johtuvia määräyksiä alueen käyttäjille. Metsähallitus on kansallispuiston hallinnosta vastaava viranomainen ja maanhaltija. Puisto sijaitsee lähes kokonaan Padasjoella; Asikkalasta mukana on Pulkkilanharjun luonnonsuojelualue ja Sysmästä muutamia saaria.

Päijänteen kansallispuiston hoito- ja käyttösuunnitelma on tammikuulta 2017.

Päijänteen kansallispuiston suojelun perusteet ovat edustavan suurjärvisaariston ja siihen kuuluvan ranta- ja metsäluonnon suojeleminen sekä ympäristöntutkimuksen ja luonnonharrastuksen edistäminen samoin kuin virkistys ja retkeily. Padasjoen kunnan alueella puistokohteet ovat saarissa, eikä Virmailaa lukuunottamatta niihin pääse kuin vesiteitse.

Kansallispuiston hoidosta ja ylläpidosta vastaa metsähallitus, mutta Kalainsaaren osalta vastuita on myös Padasjoen kunnalla erillisellä sopimuksella.

Päijänteen kansallispuisto perustettiin toukokuussa 1993 suojelemaan suurjärven saaristoluontoa. Se on myös on yksi Salpausselkä UNESCO Global Geoparkin näyttävimmistä kohteista.